Родился в селе Дахновка Черкасского уезда Киевской губернии.
Владимир Кондратьевич Дыдырко окончил Киевский (1900) и Московский университеты (1902) по математической специальности. С 1902 г. работал в Минской мужской гимназии, в Минском учительском институте и Институте народного образования (с 1918 г.), в Политехническом институте (с 1920 г.).
С сентября 1922 г. В. К. Дыдырко преподает в БГУ. В 1922/23, 1923/24 учебных годах читал элементарную математику, теорию определителей и аналитическую геометрию. В 1924/25 учебном году В. К. Дыдырко читал элементарную математику, аналитическую геометрию, высшую алгебру, интегрирование дифференциальных уравнений и приложения интегрального исчисления к геометрии.
В. К. Дыдырко принимал участие в работах I (Харьков, 1930) и II (Ленинград, 1934) Всесоюзных съездов математиков.
Владимир Кондратьевич Дыдырко был арестован 31 октября 1937 г. Не выдержав истязаний, ученый подписал, что он «агент немецкой разведки». Очевидно, поводом для обвинения стала поездка на научный семинар в Геттингенский университет в 1928 г. Приговорен к расстрелу по обвинению в работе на немецкую разведку.
Расстрелян 15 марта 1938 г. Реабилитирован 17 сентября 1965 г.