Степан Георгиевич Кондратеня родился в д. Будча (Ганцевичский район, Брестской обл.) в семье кузнеца и крестьянки.
Окончил физико-математический факультет Брестского государственного педагогического института (БГПИ) имени А. С. Пушкина с красным дипломом (1960). После мобилизации из рядов Советской Армии в 1963 г. начал свою преподавательскую деятельность в БГПИ имени А. С. Пушкина.
В ноябре 1966 г. Степан Георгиевич поступил в аспирантуру при Институте математики AН БССР по специальности «дифференциальные и интегральные уравнения». Его руководителем стал Анатолий Иосифович Яблонский – первый белорусский ученик академика Н. П. Еругина. 3а время обучения в аспирантуре Степан Георгиевич получил ряд серьёзных результатов по исследованию и представлению решений с особыми начальными условиями у нелинейных дифференциальных уравнений и систем. Во всесоюзном журнале «Дифференциальные уравнения» по этой тематике он опубликовал четыре статьи, которые были положены в основу его диссертационной работы «Аналитическая характеристика особых точек решений нелинейных дифференциальных уравнений и систем».
Защитив досрочно в феврале 1969 года кандидатскую диссертацию, С. Г. Кондратеня вернулся на работу в БГПИ имени А. С. Пушкина. Сразу после окончания аспирантуры он был назначен проректором по научной работе. По инициативе С. Г. Кондратени в 1972 году в институте была открыта кафедра математического анализа, первым заведующим которой он и был избран. Работая в институте, Степан Георгиевич продолжал активно заниматься научно-исследовательской работой, получил ряд фундаментальных результатов по характеристике подвижных особых точек решений нелинейных дифференциальных уравнений. За период с 1969 по 1981 годы он опубликовал более 20 научных работ. из них 14 статей в журнале «Дифференциальные уравнения».
Много сил и энергии отдавал С.Г. Кондратеня созданию в БГПИ имени А. С. Пушкина научной школы по дифференциальным уравнениям. С 1969 г. под его руководством начал работать научный семинар по аналитической теории дифференциальных уравнений, в работе которого принимали активное участие преподаватели и студенты физико-математического факультета. В этот период под руководством С. Г. Кондратени защитили кандидатские диссертации Е. Г. Пролиско и Ю. И. Дежурко.
С 1978 году Степан Георгиевич учился в докторантуре в МГУ имени M. B. Ломоносова. В апреле 1982 года С. Г. Кондратеня успешно защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора физико-математических наук на тему «Характеристика сложности особых точек решений нелинейных систем двух дифференциальных уравнений» в Специализированном совете по математике факультета вычислительной математики и кибернетики МГУ имени М. В. Ломоносова. С января 1981 года Степан Георгиевич снова приступил к исполнению обязанностей заведующего кафедрой математического анализа, которая вскоре была переименована в кафедру математического анализа и дифференциальных уравнений. Одновременно с июля 1982 года по октябрь 1984 года он работал деканом физико-математического факультета.
В июле 1984 года решением Высшей аттестационной комиссии при Совете Министров СССР С. Г. Кондратене было присвоено учёное звание профессора по кафедре математического анализа и дифференциальных уравнений. Он стал первым доктором наук и профессором в родном БГПИ имени А. С. Пушкина.
Степана Георгиевича по праву можно назвать основоположником брестской математической научной школы. Его научная активность и умение подключать молодых преподавателей и студентов к исследовательской работе постановками разнообразных интересных задач привлекали к нему молодёжь. Его ученики – Т. И. Шило, И. Н. Климашевская, Т. С. Будько, И. Н. Мельникова, А. В. Чичурин – успешно защитили кандидатские диссертации и в настоящее время продолжают дело своего учителя, работая на различных факультетах Брестского государственного университета имени А. С. Пушкина.
С. Г. Кондратеня является автором свыше 80 научных и учебно-методических работ. В своих работах С. Г. Кондратеня:
а) выяснил степень сложности возможных особых точек решений систем вида
где P, Q, R и S – целые функции относительно x и y и однозначные аналитические в некоторой области D относительно z;
б) выделил широкие классы систем указанного вида, решения которых не имеют особых линий в области D и подвижных существенно особых точек;
в) изучил поведение решений системы указанного вида в окрестности подвижных существенно особых точек.
Начиная с 1982 года Степан Георгиевич вместе со своими учениками много внимания уделял дальнейшему исследованию систем указанного выше вида, а также распространению полученных результатов на уравнения и системы более высокого порядка.
С 1993 по 1995 год С.Г. Кондратеня работал в должности профессора в Высшую школу в Седльцах (Республика Польша).
С. Г. Кондратеня являлся рецензентом всесоюзного журнала «Дифференциальные уравнения», реферативного журнала «Математика», его научные работы переводились на многие языки, ценились иностранными коллегами.
За успехи в развитии математической науки, подготовку научных кадров, активное участие в общественной жизни С. Г. Кондратеня награжден различными грамотами, среди них: Почетной грамотой ЦК ЛКСМ Беларуси (1972 г.), Почетной грамотой Министерства просвещения СССР и ЦК профсоюза работников просвещения, высшей школы и научных учреждений (1987 г.), Почетной грамотой ЦК КПСС, Совета министров СССР, ВЦСПС и ЦК ВЛКСМ (1987 г.), Грамотой Верховного Совета БССР (1978 г.), Почетной грамотой Министерства высшего и среднего специального образования БССР (1975 г., 1984 г.) и др.
В память о профессоре Степане Георгиевиче Кондратене, первом докторе наук и профессоре, в Брестском государственном университете имени А. С. Пушкина в 2007 г. учреждена премия имени профессора С. Кондратени, присуждаемая Советом университета раз в два года по результатам достижений в области естественно-научных исследований.
С.Г. Кондратеня был не только выдающимся учёным, но и блестящим педагогом. Его лекции отличались продуманностью и неформальной чёткостью, он легко находил контакт с аудиторией. Степан Георгиевич был добрым и интересным человеком, открытым для общения, с удивительным благородством души.