15 мая 1943 года, даже во время войны, СНК СССР принял постановление «О возобновлении работы Белорусского государственного университета» на ст. Сходня под Москвой, после чего Белорусский государственный университет начал подготовку к возобновлению работы.
Осенью 1943 года БГУ возобновил свою работу на станции Сходня в Подмосковье. На шести факультетах – филологическом, историческом, биологическом, географическом, химическом, физико-математическом – начали учиться около 300 студентов. По данным на 1 декабря 1943 года в БГУ работало 90 преподавателей.
Когда летом 1944 года Беларусь была освобождена, БГУ начал свое возвращение в Минск. 11 августа 1944 года в Минск со ст. Сходня прибыла первая группа студентов университета – 26 человек. Возвращались также и преподаватели. Начались работы по восстановлению БГУ в Минске.
Нужно было восстанавливать не только разрушенные здания, но и прежний уклад жизни. За годы оккупации университетский городок был почти полностью разрушен, лаборатории – уничтожены, а библиотечные архивы – разграблены.
Возрождение университета происходило в условиях ужасной разрухи. Минск оказался в руинах. Люди остались без крова, не хватало одежды, обуви, продуктов питания. В городе с большим трудом удалось найти здания для университета. Безусловно, они не были приспособлены для учебы, особенно для естественных факультетов. В течение нескольких месяцев БГУ занимал четвертый этаж средней школы №2 и бывшее здание педагогического техникума на ул. Витебской, 9. Несколько бараков было выделено под общежитие для студентов. Большинство помещений не отапливалось, не хватало мебели. Первый послевоенный год оказался для страны очень тяжелым.
Отметим, что в 1944 году также возобновила свою деятельность Академия наук БССР. Количественный состав БГУ и Академии наук в послевоенные годы пополнялся как за счет молодых специалистов, так и за счет именитых ученых, которые переехали в Беларусь из ведущих научных центров СССР.
В 1945 году университет насчитывал следующие факультеты: филологический, исторический, физико-математический, химический, географический, биологический и факультет журналистики. В БГУ в это время работали 103 преподавателя, среди которых 23 профессора, 39 доцентов, 19 старших преподавателей, 10 преподавателей и 12 ассистентов. В БГУ занималось более 700 студентов.
Определенные надежды на улучшение лабораторной базы, учебно-методического обеспечения, ускорение строительных работ появились после того, как в 1946 году университет был передан в систему Министерства высшего образования СССР.
В марте 1946 года было принято постановление СНК СССР «О повышении окладов работникам науки и об улучшении их материально-бытовых условий». Благодаря этому, оклады преподавателей университета колебались от 2300 до 6000 рублей в зависимости от должности и стажа работы. Кроме того, им выделялись продовольственные и промышленные товары на суммы от 1500 до 10 000 рублей. Для сравнения, колхозники из лучших хозяйств в 1947 году получали 3 рубля на трудодень. Именно это решение стало документом, на основании которого ректор БГУ требовал от городских властей улучшения жилищных условий работникам университета. Академикам и профессорам, докторам наук должны были выделяться автомобили для приобретения в личное пользование. В реальной жизни это не всегда выполнялось, но руководство страны заботилось о тех, кто готовил специалистов с высшим образованием. Безусловно, что авторитет профессора БГУ в обществе был очень значимым.
Активно и целенаправленно восстанавливались здания БГУ. В этот период физико-математический факультет, наряду с типографией и редакцией газеты «За сталинские кадры», размещался в здании физфака БГУ.
Активизировалась научная жизнь. В течение 1946-1947 учебного года в ученых советах состоялись защиты 30 диссертаций: 29 кандидатских и 1 докторской (доцента И. В. Гуторова). Среди защищенных – три по физико-математическим наукам.
Уже в 1948-1949 учебном году университет смог организовать 14 новых лабораторий, 10 кабинетов, 2 музея (зоологический и минералогический). И с каждым следующим годом количество лабораторий и кабинетов значительно увеличивалось. Все это способствовало улучшению организации учебного процесса, повышению успеваемости студентов.
Научно-исследовательской работой на протяжении всего 1948 года было охвачено более 65% профессорско-преподавательского состава университета. И все же к началу 1950-х гг. БГУ все еще остро ощущал нехватку кадров, в том числе и по математическим дисциплинам. Поэтому большое внимание уделялось подготовке кадров через аспирантуру.
В 1948 году было организовано Студенческое научное товарищество БГУ. Оно объединяло разные кружки, разрабатывало тематику научно-исследовательской работы студентов, организовывало периодические конкурсы на лучшие работы, издание научных работ студентов, проводило научные экспедиции.
В 1949 году университету было присвоено имя В. И. Ленина. В этом году в университете насчитывалось 6 факультетов, 35 кафедр, 2 самостоятельных института, 161 преподаватель и 1220 студентов. Очень остро стояли проблемы обеспечения университета квалифицированными специалистами и учебными площадями, однако в 50-е годы эти проблемы были успешно решены.
В 1952–1953 гг. прошла реорганизация системы управления БГУ. Были созданы два научных совета: гуманитарных и естественных наук – при этом по-прежнему действовал общий Ученый совет.
В 1955 году Минский юридический институт был реорганизован в юридический факультет университета.
В 1957 году, когда ректором университета стал известный учёный-физик Антон Никифорович Севченко, БГУ ждали серьёзные преобразования, в том числе создание в университете крупной научной школы в области спектроскопии, люминесценции и лазерной физики, заложены основы научной школы по исследованию теории элементарных частиц оптических и акустических свойств кристаллов, также в университете была открыта кафедра вычислительной математики.
БГУ стал одним из крупнейших научно-образовательных центров СССР. За эти достижения в 1967 году университет был удостоен ордена Трудового Красного Знамени. В последующие годы в БГУ был создан целый ряд научных школ.